Le sue origini risalgono così indietro nel tempo da coincidere con la nascita della civiltà urbana in Occidente. Prima colonia greca di Sicilia, viene fondata intorno al 734 a.C. dai Calcidesi d'Eubea ai quali si unirono, come sembra ormai certo, i Nassi dalla grande isola dell'Egeo. La città prospera in periodo arcaico e quindi, nei primi decenni del V secolo a.C., viene da Ierone dorizzata e riedificata secondo un piano rigidamente regolare. Nel 403 a.C. è distrutta da Dioniso I di Siracusa che ne atterra le mura, riduce in schiavitù la popolazione e consegna il territorio della città alle vicine popolazioni sicule, intendendo così punirla per essersi schierata con gli Ateniesi nel conflitto contro Siracusa. Dopo tale evento Naxos non tornò più ad avere il rango e il ruolo di città, pur rimanendo il suo porto attivo per tutta l'antichità. La vita urbana si sposta a Taormina, che viene fondata nel 358 a.C. da Andromaco, padre dello storico Timeo, il quale ivi accoglie gli esuli di Naxos. La vicenda della città si conclude dunque nell'arco di poco più di tre secoli. Tale circostanza, che trova conferma nell'evidenza archeologica, fà di Naxos un osservatorio privilegiato per lo studio della più antica urbanistica delle città greche d'Occidente.

Una colonia non solo calcidese

Secondo Tucidide, a fondare Naxos, un anno prima di Siracusa, furono coloni inviati da Calcide in Eubea. Ma Ellanico di Mitilene afferma che la compagine coloniale era costituita da Calcidesi e Nassi dell'isola delle Cicladi; Eforo tramanda che insieme ai Calcidesi giunsero Dori e Ioni; Appiano riferisce che l'Archegéts "è una statua di Apollo che posero come prima cosa quelli dei Nassi che emigrarono in Sicilia". Il Sito L'antico abitato di Naxos occupa la piatta forma lavica della penisoletta di Schisò e i terreni subito a nord di questa, per una superficie complessiva di 40 ettari. E' delimitata a sud-est dal torrente Santa Venera e a nord-est dalla baia. Questa vasta insenatura, compresa tra Capo Taormina e Capo Schisò, fu scalo naturale per le navi sospinte dalle correnti da Capo Spartivento o da Capo dell'Armi in Calabria: le prime navi greche seguirono questa rotta, che in linea d'aria non supera i 40 chilometri. E a questo proposito Eforo racconta che la nave di Teocle, ecista dela colonia di Naxos, sarebbe stata trascinata in Sicilia dai venti

Prima colonia greca di Sicilia

I numerosi racconti sulla fondazione di Naxos sono concordi nell'affermare che essa fu la prima colonia ad essere fondata in Sicilia. A capo della spedizione coloniale era Teocle di Calcide, che dopo sei anni sarebbe da Naxos ripartito con un nucleo di coloni per fondare Lentini prima (728 a.C.) e Catania poi (727 a.C.), città che presto divennero più prospere di quella di partenza. Tali fatti indicano il ruolo di primo piano giocato da Naxos nella fase iniziale della colonizzazione euboica dell'Isola.

Dall'altare alla città

Tucidide racconta "...fondarono Naxos ed eressero un altare ad Apollo Archegétes, quello che ora è fuori della città: sopra di esso i theoroi (inviati alle feste panelleniche) sacrificano prima di partire dalla Sicilia". Sinora sfuggito alla ricerca archeologica, l'altare rappresenta una tappa fondamentale non soltanto della fondazione di Naxos, ma anche del piano coloniale che di li a poco i Calcidesi porteranno a compimento in Sicilia. Esso ha infatti una vocazione inaugurale, apre l'installazione di un santuario come quella di una città. Questo significato viene a Naxos rafforzato dalla divinità cui viene dedicato, Apollo Archcgétes, Apollo architetto, maestro delle fondazioni, dal quale gli uomini appresero a misurare la città con la cordicella, a disegnarne la pianta riportandone la sagoma sul terreno.